La Franche-Comté rassemble 28 espèces de chauve souris sur les 34 présentes en France, toutes protégées.
Parmi celles-ci, au moins 9 d'entre-elles sont connues pour utiliser le milieu rupestre (falaises, reculées, etc.) dans le Doubs, à toute époque de l'année et dont la reproduction est avérée en Franche-Comté.
Les espèces fréquentant ce milieu recherchent habituellement des espaces étroits (fissures, écailles rocheuses, cavités, etc.) qui sont, soit bien ensoleillés pour la période estivale, soit exposés Nord ou bien protégés des rayonnements du soleil pour l'hiver afin d'y trouver de bonnes conditions pour l'hibernation.
En effet, au cours de leur cycle biologique, les chiroptères ne recherchent pas les mêmes biotopes. En hiver, l'absence de proies (insectes) conduit la plupart des espèces de chauves-souris à rechercher des fissures, des cavités ou des grottes propices à l'hibernation : au calme, frais et humides, avec une température stable.
Pour la période estivale, la plupart des espèces utilisent au contraire des endroits chauds notamment pour mener à bien la mise bas et l'élevage des jeunes (combles, greniers des bâtiments, écaille rocheuse bien exposée, etc.). Le printemps et l'automne constituent des périodes de transit, où les individus se déplacent et sont également susceptibles de fréquenter le milieu rupestre.
L'été et l'hiver sont des périodes charnières pour les chiroptères. En effet, la mise bas des jeunes (un jeune/femelle/an) se déroule en été. L'hiver, les chauve souris se mettent en léthargie (réduction des fonctions vitales) et leur réveil pendant cette période peut leur faire perdre l'équivalent de 30 jours de réserve.
Ainsi, pour éviter au maximum leurs dérangements, il est préconisé d'éviter l'équipement ou le rééquipement aux abords de gîtes favorables, surtout lors de la période d'hibernation (1er octobre au 15 mars). L'éclairage est également à proscrire puisqu'il peut, outre provoquer un stress des animaux, les réveiller dans leur sommeil hivernal ou retarder leur envol pour partir en chasse et donc réduire leur temps de nourrissage en période estivale.
Enfin, il est conseillé de maintenir les arbres creux ou fissurés se trouvant sur les falaises et pouvant servir de gîte pour certaines espèces.
Si vous observez une chauve souris ou si vous souhaitez des informations complémentaires sur ces petits mammifères volants, n'hésitez pas à contacter la CPEPESC au 03.81.88.66.71