Les falaises calcaires sont caractéristiques du paysage jurassien : elles accueillent une faune rupestre qui profite des aspérités, des fissures, des vires de la roche pour :
- s'y reproduire
- s'y nourrir
- s'y reposer
Oiseaux, reptiles, chauve-souris, flore participent à la richesse et à la beauté de ces milieux naturels emblématiques et remarquables.
Afin de protéger ces milieux et les espèces qui y sont inféodées, un certain nombre de SNE du département sont :
- classés en arrêté préfectoral de protection du biotope (APPB) : l'objectif initial était la protection du Faucon pèlerin en interdisant entre autre, l'escalade du 15 février au 15 juin. Suite à la révision de cet arrêté en 2010 sur le département du Doubs, il a été élargie à toute la faune rupestre et il est devenu plus restrictif puisqu'il interdit maintenant d'équiper de nouvelles voies.
- situés en zone Natura 2000 : c'est un réseau de sites remarquables mis en place au niveau européen afin de préserver la biodiversité. La plupart de vallée du département (Doubs, Dessoubre, Loue, Lison) sont située en zone Natura 2000 et tout projet d'équipement doit y faire l'objet d'une étude d'impact, appelée évaluation d'incidences.
