Souvent cachés sous des formations superficiels et par les forêts, les affleurements de roches dures formant des parois sont finalement rares dans le Jura.
Ces falaises soulignent cependant de manière forte les paysages jurassiens, notamment dans les vallées (Doubs, Loue, Dessoubre, Bienne, Ain), ainsi que sur les bordures extérieures du massif (Vignoble et Revermont), où le rebord du premier plateau est entaillé par de nombreuses reculées.
Ces falaises peuvent paraître, au premier abord, inhospitalières pour la flore, mais elles constituent en réalité un refuge pour des espèces très spécialisées et adaptées à des conditions de vie extrêmes comme la sécheresse, l'insolation, les fortes variations de température et le vent. Dans certaines conditions, la flore, telle qu'on l'entend habituellement (les plantes à fleurs), peut céder sa place à des végétaux encore plus résistants comme des mousses et des lichens. Ces derniers, qui sont en réalité des champignons, sont les premiers colonisateurs s'installant sur les rochers, même les plus arides.
La flore composant la végétation de ces biotopes particuliers est assez diversifiée et varie selon différents paramètres, dont les plus importants sont l'exposition, l'altitude et la sensibilité au vent.
Ainsi, les parois exposées au nord avec un taux d'humidité atmosphérique élevé seront facilement colonisées par les fougères, comme la scolopendre et diverses espèces de capillaires. Trois plantes remarquables sont associées à ces conditions : la primevère oreille d'ours, la saxifrage rose et l'androsace lactée. La première se rencontre très rarement sur quelques rochers des environs de Baume-les-Dames et de la Vallée du Dessoubre, la seconde s'observe dans les reculées de Baume-les-Messieurs et d'Arbois, ainsi que dans les environs de Salins-les-Bains, et la troisième est très localisée sur les parois du Mont d'Or et de la Roche Blanche dans le Jura. Toutes trois sont strictement protégées et bénéficient d'un plan de conservation régional initié par le CBNFC-ORI.
La végétation des parois sèches et chaudes et certes moins luxuriante, mais elle présente tout autant de particularités. L'épervière humble est probablement l'espèce qui caractérise le mieux ces biotopes. Elle est relativement commune, mais très typique des rochers jurassiens. En revanche, le daphné des Alpes, le nerprun nain et la potentille à tige courte sont beaucoup plus rares et strictement protégés en Franche-Comté. Le daphné des Alpes forme des petits buissons typiquement accrochés au sommet des corniches ; ses fleurs blanches s'épanouissant au printemps sont très odorantes. Il est rare dans les vallées du Doubs, de la Loue, du Dessoubre, dans les reculées du Jura et dans le Haut-Jura. Le nerprun nain est également un arbuste qui a la capacité de s'agripper aux rochers. Il ne se rencontre qu'au Mont d'Or, qui constitue son unique refuge pour la Franche-Comté, mais aussi pour l'ensemble du massif du Jura franco-suisse. La potentille à tige courte est une plante très discrète. Ses petites fleurs blanches peuvent facilement passer inaperçues sur les rochers. Elle est également très rare et visible seulement sur un rocher de la vallée de la Loue et sur une falaise de la vallée du Tacon.
La flore des milieux rupestres du Jura apparaît donc comme un élément majeur du patrimoine naturel franc-comtois méritant d'être respecté. La pratique de l'escalade n'est évidemment pas incompatible avec sa préservation, pour peu que quelques précautions soient prises, notamment afin d'éviter les secteurs les plus sensibles.
